Libertatea religioasă este, în general, respectată în România, ea fiind garantată de lege și aplicată de Guvern, dar continuă să existe unele restricții care împiedică grupurile religioase minoritare să beneficieze de acest drepturi, se arată în raportul pe 2009 al Departamentului american de Stat.
Subliniind că nu există schimbări majore în România pe durata realizării acestui raport (1 iulie 2008-30 iunie 2009), Departamentul american de Stat menționează că grupurile religioase minoritare continuă să acuze, în mod credibil, oficialii guvernamentali de nivel inferior că le împiedică eforturile de convertire și interferare cu alte activități religioase.
Potrivit raportului, acestea susțin că școlile publice refuză să le ofere ore de religie. Martorii lui Iehova și Biserica Baptistă susțin că autoritățile fac presiuni asupra copiilor lor să urmeze orele de religie ortodoxă. Astfel de cazuri au fost înregistrate în Oravița, Caraș-Severin sau Giurgiu. În plus, unele școli introduc orele de religie ortodoxă intenționat în mijlocul zilei, pentru ca toți elevii să participe la ele.
De asemenea, unele grupuri religioase susțin că la unele festivități publice, oficialii le cer tuturor elevilor să participe la slujbele religioase ortodoxe, situație întâlnită și în armată. Acestea denunță, de asemenea, faptul că autoritățile permit în general numai Bisericii Ortodoxe să aibă un rol activ în deschiderea ceremoniilor din școli sau în alte ocazii. Grupurile religioase se plâng, de asemenea, de lipsa prevederilor care să le ofere acces liber la instituțiile media de stat.
Potrivit raportului, Guvernul român continuă să facă diferențe între grupurile religioase recunoscute și cele nerecunoscute, iar înregistrarea și recunoașterea continuă să ridice obstacole în calea grupurilor religioase minoritare. De asemenea, Crăciunul și Paștele Ortodox sunt sărbători naționale, iar membrii altor grupuri religioase nerecunoscute care sărbătoresc Paștele la date diferite sunt îndreptățite prin lege să aibă o sărbătoare a lor.
Unele organizații neguvernamentale internaționale sau naționale, precum și unele grupuri religioase minoritare au criticat în decembrie 2006 legea privind libertatea religioasă, care a intrat în vigoare în ianuarie 2007, pentru instituționalizarea discriminării împotriva minorităților religioase și crearea unor impedimente pentru multe dintre aceste grupuri în obținerea recunoașterii oficiale.
Restituirea proprietăților greco-catolice confiscate de regimul comunist în 1948 și transferate Bisericii Ortodoxe Române rămâne, de asemenea, o problemă, în timp ce comunitatea musulmană se confruntă cu problema îngropării morților care aparțin acestui cult.
Guvernul a continuat să facă progrese în recunoașterea istorică a Holocaustului în țară, însă unele minorități religioase au continuat să acuze autoritățile locale că tergiversează acordarea de autorizații de construcție pe baza apartenenței religioase. Unele minorități continuă să susțină că autoritățile locale nu le oferă autorizații de construcție din motive nejustificate.
Un studiu pe tema relației dintre stat și biserică, realizat de Asociația pentru Apărarea Drepturilor Omului din România – Comitetul Helsinki (APADOR-CH) în perioada septembrie 2007 și martie 2008, critică prevederile ambigue din cadrul legii religiilor privitoare la scutirile de taxe ale asociațiilor religioase și faptul că în Codul Fiscal nu se face nici o referire la acestea, stipulând scutirea de taxe pentru clădirile folosite în activități socio-umanitare de către „asociații, fundații și religii”.
Acest lucru lasă loc de interpretări pentru autoritățile locale, care, în anumite cazuri, au decis ca imobilele ce aparțin asociațiilor religioase să nu fie scutite de taxe. Societatea Creștinilor Noi Apostolici din România, o asociație religioasă, a avut de-a face cu un astfel de caz în noiembrie 2007 în Sibiu. În alte localități, unor asociații similare li s-a acordat scutiri de taxe.
Raportul menționează, de asemenea, cazuri de abuzuri societale și discriminare pe baza afilierii, credinței sau practicii religioase. Au fost incidente în care Biserica Ortodoxă Română s-a arătat ostilă față de persoanele care nu aparțin cultului ortodox și a criticat convertirea la protestantism sau alte grupuri religioase. În general, Biserica Ortodoxă continuă să refuze restituirea proprietăților bisericilor greco-catolice, confiscate în 1948.
Potrivit raportului, s-au înregistrat, de asemenea, acte de antisemitism, cum ar fi desacralizarea și vandalizarea locașurilor evreiești, în această privință neînregistrându-se nici o îmbunătățire față de raportul precedent. Acesta subliniază că presa extremistă naționalistă continuă să publice articole antisemite, iar unele grupuri organizează evenimente publice sau susțin declarații publice cu teme antisemite. Potrivit Centrului pentru monitorizare și combatere a antisemitismului în România, autoritățile încearcă să minimizeze seminificația acestor incidente, explicate în general ca fiind acțiuni ale copiilor, ale oamenilor beți sau persoane cu deficiențe psihice.
Legionarii (așa-numita Gardă de Fier, o grupare extremistă naționalistă, antisemită și pronazistă care a existat în România în perioada interbelică) publică în continuare cărți instigatoare din perioada interbelică, denunță raportul, adăugând că autoritățile desfășoară doar ocazional investigații și deschid procese, care se încheie însă cu achitarea inculpaților.
În general, subliniază documentul, oficialii locali încearcă să fie toleranți cu grupările religioase minoritare, dar există unele incidente în care acestea sunt intimidate de clerul ortodox. În unele cazuri, poliția locală și autoritățile administrative au suportat tacit campanii societale (unele dintre ele incluzând intimidări psihice) împotriva prozelitismului grupurilor religioase care nu aparțin religiei ortodoxe sau au dat dovadă de o atitudine pasivă față de hărțuirea unor astfel de grupuri.
Potrivit raportului, administrația americană a discutat despre libertate religioasă cu Guvernul României în cadrul politicii sale de promovare a drepturilor omului. Ambasada continuă să discute cu oficiali despre eșecul Guvernului de a garanta restituirea deplină a proprietăților religioase, inclusiv bisericile greco-catolice.
Ambasada încurajează, de asemenea, eforturile Guvernului de a recunoaște istoria Holocaustului în această țară, inclusiv implementarea recomandărilor din 2004, incluse în Raportul Comisiei Wiesel, instruirea profesorilor pentru a preda istoria Holocaustului, ridicarea unui memorial și comemorarea victimelor Holocaustului.