Institutul de Științe ale Educației, Agenția Spațială Română și Institutul de Cercetări și Amenajări Silvice sunt printre instituțiile de cercetare științifică care au trecut în subordonarea, coordonarea sau autoritatea Ministerului Educației după intrarea în vigoare a HG privind organizarea MEN.
Trecerea unor institute de cercetare în subordonarea, coordonarea sau autoritatea Ministerului Educației Naționale este prevăzută în Hotărârea Guvernului nr. 185/2013 privind organizarea și funcționarea MEN, înființat prin reorganizarea Ministerului Educației, Cercetării, Tineretului și Sportului și prin preluarea activității și structurilor specializate de la Autoritatea Națională pentru Cercetare Științifică, publicată în Monitorul Oficial.
Actul normativ prezintă funcțiile și atribuțiile Ministerului Educației Naționale în domeniul educației și învățământului, precum și în domeniul cercetării științifice, dezvoltării tehnologice și inovării, stabilind că în structura organizatorică a acestei instituții funcționează direcții generale, direcții, servicii și birouri, iar în fiecare județ și în municipiul București sunt organizate, ca servicii publice deconcentrate, inspectorate școlare, cu structura aprobată prin ordin al ministrului Educației.
Documentul mai prevede că trec în subordonarea, coordonarea sau sub autoritatea Ministerului Educației Naționale, în calitate de autoritate de stat pentru cercetare științifică, dezvoltare tehnologică și inovare, instituțiile și unitățile de cercetare științifică, dezvoltare tehnologică și inovare și institutele naționale de cercetare-dezvoltare.
Instituțiile care au trecut în subordinea MEN sunt: Institutul de Științe ale Educației, Centrul European UNESCO pentru Învățământul Superior (CEPES), Institutul Limbii Române, Centrul de Cercetări Biologice din Jibou, Agenția Spațială Română și Institutul de Fizică Atomică.
În coordonarea ministerului se află Institutul de Cercetări și Amenajări Silvice și Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare pentru Protecția Plantelor București, iar sub autoritatea MEN funcționează Institutul de Cercetări în Transporturi SC INCERTRANS SA
Hotărârea de Guvern care a intrat în vigoare mai prevede că ministrul Educației și ministrul delegat, în domeniile în care a fost învestit, reprezintă MEN în raporturile cu celelalte autorități publice, cu persoanele juridice și fizice din țară și din străinătate. Actul normativ prevede că ministrul Educației poate delega calitatea de ordonator principal de credite, pentru domeniul pentru care a fost învestit, ministrului delegat pentru învățământ superior, cercetare științifică și dezvoltare tehnologică, secretarilor de stat, secretarului general, secretarilor generali adjuncți sau altor persoane împuternicite în acest scop.
Potrivit structurii organizatorice, în cadrul Ministerului Educației Naționale își desfășoară activitatea cinci secretari de stat, numiți prin decizie a premierului, precum și doi secretari generali adjuncți. Numărul maxim de posturi este de 598, exclusiv demnitarii și posturile aferente cabinetelor ministrului și ministrului delegat pentru învățământ superior, cercetare științifică și dezvoltare tehnologică.
