În 1775, însă, toată această frumoasă lucrare duhovnicească și culturală a luat sfârșit, căci în urma ocupării Moldovei de nord (Bucovina) de către imperiul austriac catolic, starețul, cu întreaga obște, au fost nevoiți să părăsească Dragomirna. Cu încuviințarea aceluiași mitropolit Gavriil Calimachi, Paisie, cu 200 din cei 350 de frați, s-au așezat la mănăstirea Secu, unde au fost chemați de egumenul Eftimie, cu tot soborul. S-a continuat și aici pravila de la Dragomirna timp de patru ani, cu slujbe, cuvântări, mărturisirea păcatelor și traduceri din operele marilor asceți răsăriteni. Au fost zidite noi chilii pentru a putea fi adăpostită și obștea de la Dragomirna, în anul 1779, la dorința domnitorului Constantin Moruzi, lui Paisie i s-a încredințat și egumenia mănăstirii Neamț, cea mai veche și mai luminoasă vatră a monahismului din Moldova. Lăsând la Secu pe duhovnicul Ilarion, el, cu o parte din frați, s-a mutat la Neamț. Și aici a introdus aceleași rânduieli de viață pe care le trăise la Athos și în cele două mănăstiri moldovene, adică: viața de obște, slujbe după tipic, predici, grija pentru bolnavi, bătrâni și călători, mărturisirea gândurilor către părinții duhovnicești, munca la câmp sau în diferite ateliere. S-au ridicat noi chilii, o casă pentru oaspeți și un spital. Numărul viețuitorilor nemțeni s-a ridicat la 700, între care erau moldoveni, munteni, transilvăneni, ruși, ucrainieni, bieloruși, greci, bulgari, sârbi și chiar foști necreștini trecuți la Ortodoxie. S-au continuat și aici traducerile din scrierile Sfinților Părinți și ale marilor asceți în limbile română și slavonă; s-a format chiar o adevărată „școală” de traducători. O traducere a Filocaliei, în slavo-rusă, întocmită de Paisie, a apărut la Petersburg, în 1793. În felul acesta, prin strădaniile starețului Paisie, mănăstirea Neamț a devenit cel mai însemnat centru de cultură teologico-ascetică din țările române.
Presimțindu-și sfârșitul, Paisie (ridicat în 1790 la cinstea de arhimandrit) a început să-și scrie viața, dar lucrarea a rămas neterminată, căci a trecut la cele veșnice la 15 noiembrie 1794; a fost îngropat în biserica mare a mănăstirii Neamț, unde i se vede și azi mormântul. Rânduielile introduse de starețul Paisie în schitul Sfântul Ilie, dar mai ales în cele trei mănăstiri moldovene pe care le-a cârmuit, au avut o influență binefăcătoare asupra altor mănăstiri și schituri, nu numai din țările românești, ci și din Rusia. Ucenici de-ai săi ucraineni, ruși și beloruși – pregătiți de ei pentru îndrumarea vieții duhovnicești, s-au răspândit în peste o sută de mănăstiri rusești, ducând pretutindeni același duh nou de viață spirituală (mănăstirile Valaam, Solovăt în nord, Alexandru Nevski în Petersburg, Optinain centrul Rusiei, Simonov și Novospask în Moscova, Lavra Pecerska în Kiev, Noul Athos în Caucaz și altele). Mișcarea spirituală „paisiană” a influențat și pe unii gânditori ruși din veacul al XlX-lea.
După cum era și firesc, influența paisiană, de ascetism și cărturărie, a fost deosebit de puternică și în mănăstirile Moldovei. Învățăturile și rânduielile marelui părinte au fost introduse în primul rând prin ucenicii săi direcți: Sofronie, urmașul său la stăreția Neamțului, Gherontie și Dorotei, traducători din limba greacă, Onoriu, îngrijitorul bolnițelor, Platon, care i-a scris viața, ierodiaconul Ștefan, care a tradus din slavo-rusă Viețile sfinților, în 12 volume, ierodiaconul Grigorie, viitor mitropolit al Țării Românești, care a tradus zeci de lucrări teologice din grecește și alții. În duhul lui Paisie a trăit și marele mitropolit al Moldovei Veniamin Costachi, deși nu i-a fost ucenic direct.
Toți cei care au cercetat viața și nevoințele starețului Paisie, l-au considerat ca un adevărat „sfânt” sau „cuvios”. Din aceste motive, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Ruse a procedat, în 1988, la canonizarea lui. Preoții, călugării și credincioșii români au de asemenea datoria de a-l cinsti, pentru că el a trăit peste trei decenii pe pământ românesc, unde și-a desfășurat bogata sa lucrare de reînnoire a monahismului ortodox de pretutindeni. De altfel, în ședința sa din 20 iunie 1992, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a hotărât generalizarea cultului Cuviosului Paisie de la Neamț și în Biserica noastră.
Să ne rugăm, dar, zicând: „Cuvioase Părinte Paisie, luminătorul credincioșilor și podoaba călugărilor, roagă pe milostivul Dumnezeu ca să mântuiască sufletele noastre”. (Pr. Prof. Dr. Mircea Păcurariu)
