Ministerul Apărării a gestionat atât executarea pedepsei, cât și înhumarea soților Ceaușescu, aspecte care, datorită protocoalelor militare, chiar pe timp de război ori situații excepționale, nu aveau cum să nu fie consemnate și arhivate, se arată în motivarea deciziei Curții de Apel București.
„Circumstanțele complexe în care s-au desfășurat evenimentele din decembrie 1989 nu pot constitui o premisă a imposibilității de executare a obligației, întrucât Ministerul Apărării (MAp) a gestionat atât executarea pedepsei, cât și înhumarea soților Ceaușescu Nicolae și Ceaușescu Elena, aspecte care datorită protocoalelor militare, chiar pe timp de război ori situații excepționale, nu aveau cum să nu fie consemnate și arhivate, întrucât ar fi atras încălcarea regulamentelor militare”, potrivit motivării deciziei Curții de Apel București în dosarul privind înhumarea soților Ceaușescu.
Curtea de Apel București a respins, la sfârșitul lunii iunie, recursul formulat de Ministerul Apărării împotriva sentinței Tribunalului București, care a hotărât ca MAp să pună la dispoziția urmașilor soților Ceaușescu dovezi prin care să se ateste veridicitatea locului înhumării acestora.
La începutul lunii iulie, Ministerul Apărării a comunicat, la solicitarea MEDIAFAX, că așteaptă motivarea deciziei Curții de Apel București, după care se va stabili modul de punere în executare a acesteia. Ministerul Apărării anunța că, după ce va primi motivarea deciziei, va contacta avocatul reclamanților pentru a stabili modalitățile pentru punerea în executare a acesteia și va dispune reverificarea arhivei militare pentru a identifica eventualele înscrisuri care să vină în sprijinul executării hotărârii judecătorești.
Curtea de Apel București a decis, în 30 iunie, prin decizie definitivă și irevocabilă, să oblige Ministerul Apărării să le prezinte lui Valentin Ceaușescu și Mircea Oprean dovezi certe care să ateste dacă soții Nicolae și Elena Ceaușescu au fost îngropați în cele două locuri din cimitirul Ghencea.
Pe toată perioada derulării procesului, reprezentanții Ministerului Apărării și cei ai Administrației Cimitirelor și Crematoriilor Umane (ACCU) au susținut, în fața instanței, că nu dețin niciun document care să ateste că soții Ceaușescu sunt îngropați la cimitirul Ghencea.
În 11 aprilie 2007, Judecătoria Sectorului 5 a respins ca neîntemeiată cererea de deshumare a soților Nicolae și Elena Ceaușescu și de stabilire a identității celor înhumați în cimitirul Ghencea Civil din Capitală, formulată în 2005 de Zoe Ceaușescu, care ulterior a decedat.
Avocatul moștenitorilor a cerut ca Ministerului Apărării să facă dovada, printr-o expertiză medico-legală, că cele două cadavre înhumate la Ghencea și indicate printr-o schiță marcată de Administrația Cimitirelor și Crematoriilor Umane (ACCU) sunt ale cuplului Ceaușescu.
În fața instanței inferioare, reprezentantul Ministerului Apărării a spus că nu înțelege de ce această instituție trebuie să facă dovada identității celor doi, deoarece rolul ministerului în evenimentele din decembrie 1989 a fost de executant și că simpla prezență a unor personaje aparținând MAp în locurile unde au avut loc evenimente istorice nu atrage responsabilitatea instituției.
Administrația Cimitirelor a comunicat instanței Judecătoriei Sectorului 5 documentele solicitate în acest proces, respectiv schița amplasamentului locurilor de veci din Cimitirul Ghencea în care se presupune că au fost înhumați Elena și Nicolae Ceaușescu, cu specificația că nu are documente care să ateste că cei doi au fost înmormântați în acel loc.
Potrivit unui comunicat al municipalității, remis presei după termenul de la sfârșitul lunii ianuarie 2007, „la data de 25 decembrie 1989 nu a fost înscris în registrul de înhumări nimic care să ateste înhumarea soților Ceaușescu. Nu a fost depus niciun document la Administrația Cimitirelor „.
De asemenea, potrivit comunicatului municipal, ACCU „nu poate elibera niciun act care să ateste înhumarea” soților Ceaușescu în Cimitirul Ghencea, tocmai din lipsa înscrisurilor oficiale. Mai mult, ACCU nu poate elibera nici autorizație pentru dezgroparea soților Ceaușescu până la pronunțarea instanței.
„Având în vedere că există un proces pe rol, care are ca principal obiect stabilirea de către instanță a faptului că în cimitirul Ghencea Civil au fost înmormântați soții Ceaușescu, exhumarea este posibilă numai după verdictul instanței”, preciza atunci Primăria Capitalei.